固定綜合單價結算問題

我們是施工單位，和甲方簽訂的是固定綜合單價合同，合同規定結算時工程量按實結算，實際中發生了很多變更簽證，現在我做結算不知道應該先把之前的商務標中的沒有發生變更簽證的工程量再核一遍呢，還是直接計算后期發生的變更簽證，想請教您一下   

議標的結算問題

當時報價預算350萬，后施工方和甲方商議后最后決定合同價為300萬但是此價沒有形成預算，只是簽訂了300萬的合同，（規定變更簽證部分另計）。 結算時候的變更部分的綜合單價（合同中相同的項的綜合單價）如何確定？ 是否按照350萬中相應的項的單價執行？為什么？ 這個屬于議標嗎？

材料這樣扣除合適嗎

合同規定結算時按:結算價=中標合同價+簽證變更+工程量增減*綜合單價+材料差價。合同規定按實際工程量計算。其中鋼筋甲供材，乙方領用量少于投標清單定額用量（含損耗）。例如投標時清單鋼筋用量100噸，而乙方只領取了80噸，施工中并沒有出現違規行為和質量問題，結算時甲方按100噸扣除，合理嗎？應該咋扣除？按實際領用量扣除，甲方就要多支付材料款（甲方違規不）。請高手指點

關于合同問題

新增變更項目發生時，工程量按實際簽證量為準。合同價款的調整按下列方法進行：合同中已有相應項目確認的綜合單價辦理結算；合同中只有類似于變更工程的價格，只調整相應的主材費，主材單價按投標文件主材價格或按發包人認質認價的價格計算（差價只計取規費和稅金），按新組成的單價辦理結算；合同中沒有適用或類似于工程變更的價格，按招標文件編制綜合單價的原則組價，經監理和發包人認可，并下浮5%后作為結算單價，按確認的結算單價辦理結算。 請高手給舉例詳細解釋下。

關于清單計價的幾個問題

您好，請問（1）變更簽證的管理費和利潤費率必須按照投標時的費率取費嗎？ （2）還有甲供材怎樣從總造價里扣除？合同約定施工方計取1%的管理費，這1%的管理費是計入其他項目清單，之后得出的總造價扣除甲供材料數量*甲供材單價，是這樣嗎？ （3）變更簽證合同價款依據中有一條“合同中有的，按照合同價款”，這個價格指的是綜合單價，若我所做的清單項合同中沒有，但有相同的定額子目，我所套的定額子目的價格是否必須和投標文件中的一致？請指教，謝謝。