我的±0.00以下地下室層高6m，地上建筑物高度為61m。過程計量時只給計取了±0.00以上的垂直運輸，±0.00以下的不計取垂直運輸費。

不是這樣的，你理解有誤，2011版本定額是以“從第一章~第十章”的定額子目定額直接費為基數乘以系數計取的（定額綜合地下和地上部分綜合考慮的），地下部分的基礎、梁、柱等套定額子目后，在預算界面點擊“垂直運輸及超高降效費”菜單，選擇結構類型和高度計取。總之，只要套第一章~第十章定額子目以后軟件自動默認計取，并不是你理解的地下部分沒有計取（2011版本定額是綜合考慮的，2005版本定額分地下和地上部分計取的）。具體查看2011版本定額解釋便知。