甲方支付工程進度款時，已扣除了水電費及罰款等費用。在工程竣工后，總結算中甲方扣除以上款項與甲方在進度款支付時扣除是兩個概念。總結算是工程總造價減去已付工程款（包括工程進度款、代付材料費、扣除水電費、罰款及其他代付款）,因水電費及罰款在當期工程進度款內，應按支付進度款對待。如：該工程總造價10000元，10月份進度款1500元，其中當月水電費100元，罰款50元，甲方撥付工程進度款時扣除水電費及罰款共150元，實際撥付1350元。工程總結算：工程總造價10000元減去已付工程款1500元，剩余工程款8500元。

這里你要明確一個道理，罰款不在報價中如果當月甲方直接撥付你工程進度款1500元，你項目部給甲方打的或收據是1500元，然后你項目部拿出150元交水電費和罰款，這樣工程總結算還是剩余工程款8500元，好了。