我們這在中標時簽訂了一個制式的、通用的建設工程施工合同，然后開工前又簽訂了一個補充協議，然后施工合同文件組成及解釋順序如下： 1、施工合同協議書； 2、中標通知書； 3、投標書及其附件； 4、施工合同專用條款； 5、施工合同通用條款； 6、標準、規范及有關技術文件； 7、圖紙； 8、工程量清單； 9、工程報價單或預算書。 請問，在上面第一條中的 施工合同協議書 是指的制式的、通用的建設工程施工合同，還是指的 簽訂的補充協議？ 二者在組成施工合同文件時，如何進行排列，哪個在前，哪個在后？ 當二者有相抵觸的時候，以哪個為準，進行結算！謝謝！

問題補充：請問，現在中標時簽訂一個制式的、通用的建設工程施工合同，然后再簽訂一個補充協議的情況普遍嗎？ 請問，竣工結算備案時，這個補充協議能和建設工程施工合同一起提交嗎？