針對這種情況，甲方需要采取以下措施：

1. 了解合同條款：甲方需要仔細研究總包合同的條款，清楚合同中關于工程范圍變更和支付條件的規定。如果發現與分標段開發不符，需要及時與總包商協商修改合同條款。

2. 尋求妥協：甲方可以與總包商協商修建項目局部的具體范圍和時間，并盡量減少損失。同時，甲方也應該理解總包商要求索賠的難處，尋求雙方共同解決問題的方法。

3. 對損失進行劃分：在分析停工期間的損失時，需要區分因分標段導致的損失與其他原因導致的損失。其中，因為分標段和合同條款不符導致的損失應由甲方承擔，其他因素導致的損失則需要由雙方共同承擔。

4. 確定賠償標準：對于停工期間的損失，甲方需要確定合理的賠償標準。如工人窩工費、機械租賃費等可以按照合同條款進行賠償；而高溫限電、疫情停工等因素需要雙方共同商議確定賠償標準。

總之，甲方需要根據合同條款和實際情況，與總包商協商解決分標段開發導致的問題，并合理劃分停工期間的損失，尋求雙方共同承擔責任的方法。這樣既有利于保護雙方的權益，也有助于項目順利進行。