合同沒有約定，應按計價規范上面的相關條款(或當地造價管理部門規定調整)。

問題1：合同沒有約定情況下，原清單組價部分結算材料調差部分金額是否也按中標通知書下浮3.6%？

            一般按當地造價管理部門規定調整

問題2：結算時新組價部分總造價是否也要按中標通知書下浮3.6%？

           新組價清單應按招標控制價口徑組價后下浮3.6%。

問題3：施工過程中增加的專業工程（如鋼結構、地坪漆、室內精裝修（造價約3500萬）、園林景觀工程等）， 

             以上新增專業總造價是否也按中標通知書下浮3.6%？

            這應該是屬于合同外內容，應另行訂立合同。如果雙方都認可，也可按此結算。

首先要看你投標時候是否有報價預算（商務標）？

如有：

1、核對：中標預算書造價/招標控制價的比率是否已經下浮了3.6%，如是，后期結算時，清單單價則不做調整。

2、第二個問題：原清單組價沒有的項目重新組價，其材料價格應盡量采用投標時的材料報價，組價后的價格時需要按照3.6%下浮的。

3、第三個問題：增加了專業，是否增加了合同以外是內容？如是，則報價部分全部都要下浮3.6%。

以上是我根據你的述說后理解性解釋，具體如何辦，還需自己吃透合同來解決。