按1000萬總價結算，合同價900萬違法。

如果合同確實寫著總價包干，那結算就不能按實結算。此時核實合同條款中工程量增減的幅度約定，如變更導致工程量變動在約定范圍內的，那么無變更費用。

如果合同只寫總價1000萬，那么按清單規則，則實際應為固定單價，工程量按實結算。

   承包單位報價1000萬總價包干合同，有工程量清單和明細材料報價單。簽訂合同時施工方優惠后簽訂價為900萬施工單位未提供明細清單報價。結算時因為圖紙變化比較大，改為據實在結算，合同中約定報價清單中有的參照報價清單，結算時承包單位要求按1000萬的報價清單中的材料價作為結算依據是合理的，合理的依據是1000萬是投標清單。

我覺得應該拿合同總價900萬加上合同外增減費用進行結算。